腾冲市水务局设九个内设机构：

（一）基层党建办公室。负责本单位党组织的建设工作和干部工作。负责抓好本单位党的政治建设、思想建设、组织建设、作风建设、纪律建设和制度建设。负责本单位理论学习中心组学习，负责党风廉政建设、意识形态、精神文明建设和挂钩帮扶等具体工作。负责工会、共青团、妇女儿童等群团组织工作。负责机构编制、人事、老干工作。

（二）办公室。负责局机关日常运转工作，综合协调局机关政务、业务等有关工作；负责文电、会务、机要、保密、档案、综治维稳、信访、信息、宣传、政务公开、后勤、环境卫生、车辆调度、户籍管理、机关安全保卫、对外合作等工作；负责水利科技项目和科技成果的申报和管理工作。

（三）资产财务股。编制部门预算和决算，承担财务和资产管理工作；承担机关财务工作，指导、监督二级单位的财务工作；组织、协调、配合审计有关工作；负责各类资金拨付、核销、决算、编制财务报告，执行财务制度和财经纪律；负责提出市级财政水利专项资金安排建议，指导水利项目利用金融信贷资金工作。

（四）水资源管理股。负责河（湖）长制工作的组织、协调、督办、分办等工作。组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，组织、指导开展水资源有偿使用工作，贯彻落实最严格水资源管理制度，指导河湖生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，负责集中式饮用水水源地保护和地下水保护工作；组织、指导河湖水生态修复、河湖水系连通工作；组织、指导计划用水、节约用水工作。

（五）规划建设股。拟订水利发展总体规划，组织编制重点水利综合规划、专业规划、专项规划，负责水工程建设项目合规性审查；负责组织管理权限内的水利工程初步设计技术审查，组织开展重大水源工程项目前期工作；负责拟订水利建设投资的规模、方向和项目安排的意见，提出水利年度投资建议计划并组织实施；组织、指导水利工程建设管理、水利工程蓄水安全鉴定、验收及项目后评估工作，制定有关制度并组织实施；负责水利建设市场及水利行业招投标管理；承担水利统计工作。

（六）农村水利水电股。贯彻落实农村水利水电政策、法规、规划和行业技术标准，负责农村水利水电工作；组织开展大中型灌区和排灌工程建设与管理工作；组织病险水库等水利工程的除险方案编制和项目实施；指导农村供水工作，组织农村饮水工程建设与管理工作；指导城市供水水源规划和编制实施；指导水利设施的管理、保护和综合利用；指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等工作；组织、指导节水灌溉、农业水价综合改革工作。

（七）水保股。贯彻落实国家水土保持政策、法规，监督执行水土保持技术标准，组织、协调和指导水土保持工作；拟定水土保持规划并监督实施，负责规划实施的考核评估；负责水土保持监测和信息化应用工作；负责生产建设项目水土保持方案审批、监督检查及水土保持设施自主验收的备案核查；组织实施全市水土保持重点工程、生态清洁小流域项目和坡耕地项目建设。

（八）监督股。督促检查水利政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况；组织实施水利工程质量和安全监督，负责部门、行业安全生产综合监管工作；指导水利行业管理的水库、水电站大坝和管理权限内农村水电站的安全监管工作；负责水政执法、水事纠纷的预防及调处、行政应诉、行政复议、行政赔偿工作；组织开展法制宣传和普法工作；负责法律文书、规范性文件的合法性审核和监督备案工作。

（九）水旱灾害防御股。组织、指导水域及其岸线的管理和保护，指导江河、湖泊及河口、滩涂的治理和开发，办理跨界河流有关涉水事务；负责非防洪工程的洪水影响评价、河道采砂、河道管理范围内有关活动的审批；组织编制重要河湖、水工程防御洪水和应急用水的预案、方案并指导实施，承担水情旱情预警工作；组织、指导河道治理工程及山洪灾害防御项目的建设。